Alain Blanchard






Travaux et recherches

"Mes travaux de recherche concernent l'étude des mécanismes moléculaires associés au pouvoir pathogène des mollicutes. En dehors d'apports à une meilleure connaissance fondamentale de ces bactéries, mes travaux ont eu des applications notamment tels que la mise au point de méthodes de détection basées sur l'amplification génétique, méthodes qui sont encore utilisées par de nombreux laboratoires dans le monde.

Diagnostic et typage moléculaires
Nous avons contribué fortement au développement de méthodes de diagnostic moléculaire et de typage en mycoplasmologie. Les tests obtenus ont concerné les espèces U. urealyticum, M. hominis, M. penetrans et plusieurs mycoplasmes importants en médecine vétérinaire.

Génomique des mollicutes - séquençage et génomique comparée
La génomique fonctionnelle des mollicutes  été freiné par la difficulté de développer des méthodes de génétique moléculaires chez ces bactéries. En revanche, la petite taille de leur génome et leur intérêt comme cellules minimales ont généré un grand intérêt sur l’application de méthodes d’approche globale pour mieux comprendre le fonctionnement de ces cellules. Nous avons participé à cet effort, notamment en collaborant avec le Genoscope au séquençage du génome de plusieurs mollicutes (M. pulmonis, M. agalactiae, M. hominis, M. mycoides subsp. capri, Spiroplasma citri). Ces travaux ont aussi impliqué des équipes de bioinformatiques parisiennes et bordelaises, ce qui a conduit d’une part à des travaux portant sur la structure des génomes (éléments génétiques répétés) et d’autre part à la construction d’une base de données dédiée à la génomique comparée des mollicutes, MolliGen.

Développement d’outils de génétique moléculaire pour l’étude des mycoplasmes
Il existe peu d’outils génétiques disponibles chez les mollicutes. Nous avons contribué au développement de tels outils en développant des plasmides réplicatifs de type oriC qui se répliquent chez les espèces appartenant au groupe mycoides. Ces plasmides permettent, selon les cas, d’inactiver spécifiquement des gènes et d’exprimer des protéines hétérologues. Avec pour objectif de construire de nouvelles souches atténuées vaccinales pour M. mycoides subsp. mycoides SC, nous avons développé une méthode pour créer des mutants sans marquage (pas de gène de résistance résiduel).  Perspectives des travaux en cours L’évolution technologique dans les méthodes de séquençage des génomes (Next Generation Sequencing) nous a permis d’envisager des projets dont l’ampleur a été décuplée par rapport à nos travaux précédents. Ainsi, dans le cadre de l’ANR EVOLMYCO, nous venons de séquencer 20 génomes de mycoplasmes qui colonisent les ruminants. L’objectif principal de cette étude est d’analyser l’importance des transferts latéraux de gènes parmi ces bactéries qui partagent les mêmes hôtes. Nous souhaitons également vérifier la présence d’éléments conjugatifs intégrés sur les génomes séquencés dans la mesure où nous avons formulé l’hypothèse que ces éléments sont essentiels à la dynamique des échanges génétiques. Les aspects fonctionnels de ce travail sont réalisés dans le cadre d’un autre projet financé par l’ANR MycXgene pour lequel nous collaborons avec C. Citti (ENVT). Par ailleurs, nous avons entrepris des travaux intégrant les nouvelles approches de biologie synthétique (transplantation de génomes, assemblage de cassettes à haut débit, …). Nous avons initié deux projets, l’un en collaboration avec le J. Craig Venter Institute qui vise à construire par biologie synthétique un génome d’une bactérie qui serait un vaccin contre une maladie affectant les ruminants. L’autre projet consiste dans un premier temps à transférer les technologies de transplantation de génomes à de nouveaux mollicutes y compris aux phytoplasmes (mollicutes phytopathogènes non cultivables à ce jour)."

Source : La page d'Alain Blanchard sur le site de l'Université de Bordeaux Segalen

Site internet de l'UMR 1332 : Biologie du fruit et pathologie

Publications

  • Pereyre, S, Sirand-Pugnet, P, Beven, L, Charron, A,  Renaudin, H,  Barré A, Avenaud, P, Jacob, D,  Couloux, A, Barbe, V, de Daruvar, A, Blanchard A, Bébéar, CM. (2009).Life on arginine for Mycoplasma hominis: clues from its minimal genome and comparison with other human urogenital mycoplasmas

  • Janis C, Bischof D, Gourgues G, Frey J, Blanchard A, Sirand-Pugnet P. (2008). Unmarked insertional mutagenesis in the bovine pathogen Mycoplasma mycoides subsp. mycoides SC: characterization of a lppQ mutant. Microbiology 154:2427-36.

  • Sirand-Pugnet P, Lartigue C, Marenda M, Jacob D, Barré A, Barbe V, Schenowitz C, Mangenot S, Couloux A, Segurens B, de Daruvar A, Blanchard A, Citti C. (2007). Being pathogenic, plastic, and sexual while living with a nearly minimal bacterial genome.

  • Barre A, de Daruvar A, Blanchard A. (2004). MolliGen, a database dedicated to the comparative genomics of Mollicutes.


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