La biologie de synthèse dans les publications scientifiques

Un corpus des publications relevant de la biologie de synthèse a été analysé pour définir le paysage de ce champ dans le monde académique. Le corpus comprend l'ensemble des articles de la base de données Thomson Reuters Web of Science mentionnant le terme "synthetic biology" augmenté par une extension lexicale (voir note de bas de page) validée par 4 experts du domaine. Le corpus ainsi obtenu comprend 2,725 articles publiés jusqu'en été 2013, l'essentiel des articles ayant été publiés à compter de l'année 2000. Ce corpus a été soumis à une analyse quantitative dont les résultats sont présentés ci-dessous.

Dans un premier temps, les grands acteurs et lieux de production de la biologie de synthèse dans le monde et en France sont représentés. Le champ peut en effet être décrit à travers ses lieux de production: les principales institutions de recherche mentionnées dans l'adresse des publiants, mais aussi, les pays et les villes les plus publiantes extraits de cette même information. A l'échelle française, on peut également identifier les institutions françaises et les villes françaises les plus fréquentes dans le corpus. La répartition des travaux dans les revues scientifiques permet également de mieux saisir les soubassements disciplinaires de la biologie de synthèse. Enfin, la distribution des mots-clés associés à chaque publication nous renseigne sur les principaux sujets traités dans le champ. L'analyse scientométrique permet également d'extraire les auteurs principaux du corpus dans le monde. Au-delà du nombre brut d'articles publiés, suivre les auteurs les plus cités permet de révèler les orientations épistémiques principales de la biologie de synthèse.

Pour chacune de ces dimensions de description du corpus, nous présentons un diagramme à secteurs qui illustre la part respective occupée par les 10 éléments les plus fréquents de chaque entité. De manière complémentaire, une liste comportant les 100 entités les plus fréquentes accompagne également chaque illustration (suivre les liens "Pour en savoir plus"). Sous forme tabulaire, elle permet d'apprécier la part respective de ces entités au sein du champ ainsi que leur taux de croissance durant les deux dernières années.

Une représentation géographique est également proposée. En plus du poids relatif qu'occupent les différentes zones géographiques dans la production mondiale de publications scientifiques en biologie de synthèse, les collaborations existantes entre Etats : au sein des Etats-Unis, entre les pays européens, sont également matérialisées par des liens - plus ou moins épais en fonction de l'intensité des échanges.

Pour finir, et de manière complémentaire à la représentation géographique, un graphique présente la structuration du réseau de collaboration au sein des publications en biologie de synthèse.


La requête étendue inclue les termes suivantes: "synthetic gene networks", "Standard Biological Parts", "artificial genetic system", "synthetic genomes", "synthetic gene circuits", "minimal cells", "synthetic circuits", "synthetic networks", "synthetic cells", "minimal genome" et "artificial gene networks"

Les chercheurs

Cette étude résulte d'un travail de recherche sur la biologie de synthèse et sa place dans les publications scientifiques mené par trois membres de l'unité INRA-SenS : Jean-Philippe Cointet, Benjamin Raimbault et Pierre-Benoît Joly et ce, en collaboration avec l'Observatoire de la biologie de synthèse.